Родилась 30 июля 1929 года в деревне Малое Шляпово Верх-Ирменского (ныне Ордынского) района Новосибирской области в крестьянской семье. Родители работали в колхозе.
К началу Великой Отечественной войны успела окончить три класса. В 1942 году пошла работать в колхоз, вместе с матерью трудилась полный день без выходных всю войну. В 1945 году стала дояркой и отработала 35 лет.
В 1950 году вышла замуж, родила и воспитала пятерых детей.
В 1953 году, в связи с тем, что их деревня оказалась в зоне затопления Обского водохранилища, семья Екатерины Макаровны переселилась в село Береговое Новосибирского района.
В годы восьмой, девятой и десятой пятилеток добивалась особенно высоких показателей.
Она одна из первых в области и стране превзошла пятитысячный план (5 тысяч литров молока в год на одну корову).
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 апреля 1971 года за выдающиеся успехи, достигнутые в развитии сельскохозяйственного производства и выполнении пятилетнего плана продажи государству продуктов земледелия и животноводства, доярке Боровского опытного хозяйства Сибирского научно-исследовательского и проектно-технологического института животноводства (Новосибирский район) Пугачевой Екатерине Макаровне присвоено звание Героя Социалистического Труда.
Награждена орденом Ленина, медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина», «Ветеран труда», «Медаль материнства», «Серп и Молот», медалями ВДНХ, знаками «Ударник коммунистического труда» и «Победитель социалистического соревнования», Почетными грамотами.
С 1962 по 1978 год Екатерина Макаровна была депутатом Боровского сельского Совета депутатов.
В настоящее время Екатерина Макаровна на пенсии, проживает в селе Береговое Новосибирского района [242, 384, 430, 447].