Родился 16 декабря 1918 года в селе Мало-Ирменка ныне Ордынского района Новосибирской области в семье крестьянина. Русский.
В Мало-Ирменке окончил пять классов местной школы,после чего Шиловы переехали в совхоз «Гутовский» Тогучинского района. Здесь Шилов окончил школу-семилетку, вступил в комсомол, получил направление на учебу в одно из ремесленных училищ Новосибирска, после окончания которого работал на ТЭЦ-1.
В ряды Красной Армии призван Ордынским РВК в 1939 году. На фронтах Великой Отечественной войны с июля 1941 года. Был трижды ранен.
9 октября 1944 года на станции Векшняй (около Вильнюса) в ходе наступления на Рижском направлении командир отделения разведки штурмовой батареи 349-го артиллерийского полка (119-я стрелковая дивизия, 4-я ударная армия, 1-й
Прибалтийский фронт) старший сержант Шилов, когда группа фашистских танков и штурмовых орудий вышла в тыл продвинувшимся вперед советским подразделениям и двигалась к командному пункту полка, с противотанковой гранатой бросился под штурмовое орудие, шедшее на командира полка, и ценой своей жизни спас его.
Похоронен в г. Науйойи-Акмяне Литвы.
Звание Героя Советского Союза Шилову Петру Никифоровичу присвоено Указом Президиума Верховного Совета от 24 марта 1945 года (посмертно).
Награжден орденами Ленина, Славы 3-й степени, медалью «За отвагу».
Именем Героя Советского Союза Шилова Петра Никифоровича названа улица в Дзержинском районе Новосибирска. В честь него названа школа в Мало-Ирменке, а сам Герой навечно зачислен в бригаду ТЭЦ. Бюст Героя Советского Союза П.Н. Шилова установлен в Новошарапской средней школе Ордынского района. Имя Героя Советского Союза Петра Никифоровича Шилова увековечено на Аллее Героев у Монумента Славы в Новосибирске, а также в Ордынском мемориальном парке героев-земляков и на мемориале Героям Советского Союза в г. Тогучине [53, 179, 240, 310, 389, 431, 481, 482, 485, 1193].