Родился в 1924 году в селе Залесово Залесского района Алтайского края в семье рабочего. Русский. Окончил школу-семилетку, учился в школе фабрично-заводского ученичества,
работал в старательской артели в селе Егорьевское Маслянинского района Новосибирской области. Затем до войны работал на Салаирском руднике в Кемеровской области. Член ВЛКСМ с 1940 года.
В августе 1942 года был призван Маслянинским РВК в
Красную Армию. Воевал на Центральном фронте в составе 215-го полка 77-го гвардейской стрелковой дивизии. В свои 19 лет проявил мужество и отвагу в боях за Чернигов. Гвардии рядовой В.Я. Марковский в числе первых ворвался в окопы противника, уничтожив нескольких фашистов.
В ночь на 28 сентября 1943 года во главе группы бойцов на бочках он переправился через Днепр, выбил фашистов из окопов и удерживал их до подхода подкрепления, а затем участвовал в атаке опорного пункта Старая Иолча Брагинского района Гомельской области. В этом бою гвардии рядовой Вениамин Яковлевич Марковский был тяжело ранен в грудь и 3 октября 1943 года скончался в госпитале 587-го медсанбата (83-й отдельный мотострелковый батальон, 77-я гвардейская стрелковая дивизия).
Похоронен в братской могиле у деревни Комаровка Репкинского района Черниговской области. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1944 года рядовому Марковскому присвоено звание Героя Советского Союза за подвиг на Днепре (посмертно).
Награжден орденом Ленина.
В украинском селе Комаровка на центральной площади установлен памятник В.Я. Марковскому. В городе Салаире, где прошло детство Героя, есть улица его имени. На школе № 24, где он учился в 30-х годах, укреплена мемориальная доска.
Имя Вениамина Яковлевича Марковского увековечено на Мемориале Славы в Барнауле и на Аллее Героев у Монумента Славы в Новосибирске. Бюст Героя установлен в р.п. Маслянино [64, 179, 352, 416, 647, 648, 698, 787, 838, 998].