Родился 2 января 1974 года в районном центре Маслянино Новосибирской области в семье рабочего совхоза. Русский.
Окончив школу-восьмилетку № 5, поступил в местное СПТУ, где получил специальность механизатора широкого профиля. Во время учебы 7 лет тренировался в детской юношеской спортивной школе – ДЮСШ. Неоднократно участвовал в тяжелоатлетических соревнованиях на первенство района, области, региона.
В 1993 году был призван во Внутренние войска. Службу проходил в отряде специального назначения «Витязь». Неоднократно выполнял служебно-боевые задачи в Северно-Кавказском регионе.
Принимал участие в специальных операциях по освобождению заложников и разоружению боевиков. Не однажды смотрел смерти в лицо, но всякий раз судьба уводила его из-под удара. Так было и во время его командировки в зону осетино-ингушского конфликта. Тогда дозор наткнулся на группу боевиков, которые обрушили на воинов шквал огня.
Погиб 3 октября 1993 года в техническом центре АСК-3 телецентра «Останкино» в Москве. Рядовой Ситников заступил на боевой пост. Около полуночи обстановка вокруг охраняемого объекта резко обострилась, раздались первые выстрелы... «Витязи» действовали смело и решительно, никто не оставил свой пост. В эти минуты на втором этаже здания, где находился Николай, раздался оглушительный взрыв, который оборвал жизнь девятнадцатилетнего солдата. До увольнения в запас ему оставалось десять дней.
Указом Президента Российской Федерации от 7 октября 1993 года за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания, рядовому Ситникову Николаю Юрьевичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно). Он навечно зачислен в списки воинской части.
Похоронен Герой России Николай Юрьевич Ситников у себя на родине.
В р.п. Маслянино в честь Николая Юрьевича Ситникова установлен памятник, на здании СОШ № 5 и здании училища ПУ-77 установлены мемориальные доски, увековечившие память о Герое России. Ежегодно в Маслянино проходят соревнования по тяжелой атлетике на приз земляка – Героя России Николая Ситникова.
Его имя увековечено на Аллее Героев у Монумента Славы [247, 416, 767, 788, 1022]